- Programas Nacionales
- Apícola
- Bioenergía
- Carnes
- Cereales
- Cultivos industriales
- Desarrollo de los territorios
- Ecorregiones
- Fibras animales
- Forestales
- Frutales
- Hortalizas, flores y aromáticas
- Leche
- Oleaginosas
- Áreas Estratégicas
- Agroindustria
- Biología molecular, bioinformática y genética de avanzada
- Ecofisiología vegetal
- Economía y sociología
- Forrajes y pasturas
- Gestión ambiental
- Protección vegetal
- Recursos genéticos, mejoramiento y biotecnología
- Recursos naturales (agua, clima, suelos y biodiversidad)
- Salud animal
- Tecnología de alimentos
- Planes Tecnológicos Regionales
- Proyectos con financiamiento externo
- Proyectos con otras organizaciones
