Si bien existe una importante variación en el  número y complejidad de elementos repetitivos entre genomas de especies, en general suelen estar más representados en genomas de gran tamaño, como es el caso del trigo pan. Por otro lado, combinar la purificación de cromosomas individuales y el uso de la segunda generación de tecnologías de secuenciación de ADN ofrece una oportunidad única para el estudio preciso de la porción repetitiva de ADN de cada cromosoma permitiendo la comparación entre ellos. En este trabajo analizamos y caracterizamos la porción repetitiva de los tres cromosomas homeólogos del grupo 4 del genoma de trigo a partir de contigs (segmentos) generados de secuencias cromosoma-específicas obtenidas por tecnologías Roche 454  e Illumina. El contenido de ADN repetitivo varió entre 55 y 63% y se analizaron presencia de transposones, ARNs pequeños, microsatélites y secuencias de baja complejidad entre otros contenidos utilizando herramientas bioinformáticas específicas. De este análisis se destaca la descripción de tres nuevas familias de retrotransposones y la ubicación física de los mismos en el cromosoma mediante hibridación in situ. Este trabajo constituye el primer análisis de las secuencias repetitivas de los cromosomas homeologos de grupo 4 del genoma de trigo pan.