25 de Agosto de 2015
Artículo con referato

Nuevos conocimientos en la estructura y orden virtual de los genes del cromosoma 4D revelados por pirosecuenciación

El objetivo de este trabajo que involucró a especialistas del INTA, CONICET y colegas de Alemania, EEUU, Checoslovaquia y Francia fue proveer nueva información sobre uno de los cromosomas del genoma de trigo (4D) haciendoénfasis en el contenido de genes. Versión en inglés.

Compartir
+A -A
Autores
, , , , , ,
Bernardo CLAVIJO
,
Mihaela MARTIS
,
Ingrid GARBUS
,
Philippe LEROY
,
Hana SIMKOVA
,
Miroslav VALARIK
,
Mario CACCAMO
,
Jaroslav DOLEZEL
,
Klaus F.X. MAYER
,
Catherine FEUILLET
,
Viviana ECHENIQUE

En los últimos tiempos la secuenciación del genoma de trigo ha sido abordada por distintas estrategias, sin embargo por tamaño y complejidad  la secuencia disponible de este genoma es aun preliminar. El objetivo de este trabajo fue proveer nueva información sobre uno de los cromosomas del genoma de trigo, el 4D haciendo énfasis en el contenido de genes. Para ello mediante pirosecuenciación se obtuvieron sets representativos de la secuencia de los brazos corto (7.2x) y largo (4.1x) del cromosoma 4D.  Estos sets fueron ensamblados lograndose coberturas de 223 Mb (contigs) y 34 Mb (scaffolds) sobre un total de 648 Mb. El análisis de la porción de scaffolds permitió el anotado de 822 genes y con la información de contigs y scaffolds se contruyó un mapa virtual basado en 1973 genes ortólogos. Este orden virtual fue convalidado con herramientas genéticas (mapa del cromosoma 4D de Ae tauschii) y físicas (mapa de líneas de deleción del cromosoma 4D). El orden virtual de genes del cromosoma 4D mostró mejor colinearidad con el cromosoma 4B que con el 4A por presencia de translocaciones en el último.  La comparación de secuencia y mapa virtual obtenido por pirosecuenciación vs Illumina (consorcio secuenciación del genoma de trigo, IWGSC) mostró información complementaria. Por otro lado el contenido de genes es una valiosa información para la rápida identificación de aquellos relevantes para mejoramiento genético de trigo.

Referencias

Áreas geográficas alcanzadas
    • Argentina
    • Córdoba
    • Marcos Juárez