La estructura programática del INTA permite organizar recursos y acciones, alcanzar objetivos, aprovechar oportunidades, superar debilidades y cumplir con la misión institucional, identificando temáticas relevantes, capacidades disponibles y vacancias.

Los Programas, tienen como misión elaborar, con visión sistémica y prospectiva, una propuesta de gestión e implementarla, articulando con los Centros Regionales y de Investigación, y los grupos de I+D extrainstitucionales a nivel regional, nacional e internacional. Asimismo, en el marco del Programa se identifican y coordinan las capacidades del INTA y otras instituciones en las temáticas/cadenas, y priorizan los temas estratégicos.

Cada uno de ellos posee un Consejo Asesor conformado por actores del sector científico - tecnológico y de la producción, tanto públicos como privados. El mencionado Consejo propone recomendaciones sobre temas técnico-estratégicos relacionados con la generación de conocimientos, el desarrollo tecnológico y la innovación del SAAA nacional e internacional desde el área de incumbencia del Programa.

También tiene un equipo de coordinación, constituido por referentes institucionales, que colaboran en la construcción, implementación y seguimiento de las estrategias del Programa.