El máximo nivel de decisión del INTA es el Consejo Directivo, regido por un presidente y un vicepresidente designados por el Poder Ejecutivo Nacional. El Consejo Directivo es un cuerpo colegiado con cinco representantes del sector público y cinco del sector privado. De esta manera, se garantiza una activa participación del sector productivo en la fijación de las políticas y las estrategias globales de decisión institucional.